造成作物發生植物調節劑藥害的原因有很多種，也比較復雜，一般來說，導致作物發生藥害都是由于植物生長調節劑使用不當造成的，其主要原因有以下七種情況：

一、調節劑在作物上的使用溫濕度等天氣環境條件不對
使用任何農藥，都需要有個合適的天氣條件，特別是要有適宜的溫度和濕度條件，否則就容易導致作物發生藥害。
比如說，我們在使用各類植物生長調節劑時，一般都要求在上午10點或下午4點前后且溫度15-28度范圍內，這個時間內溫度不高不低、空氣濕度也尚可，如果我們在中午溫度過高或空氣特別干旱的情況下使用噴灑植物生長調節劑，那么作物就容易發生因為藥液吸收過量而出現藥物中毒受害的癥狀；反之，如果我們在下雨天氣或者大風天氣或者溫度非常低的情況下使用植物生長調節劑，要么用藥后效果不佳，要么用藥后作物吸收不了而失效。

二、調節劑在作物上的使用量或使用濃度過大
每一種植物生長調節劑都有比較嚴格的用量濃度，即使同一種調節劑在不同作物上用量濃度也是不同的，使用時容不得有半點誤差，濃度低了或用量少了則達不到理想用藥效果，濃度高了或用量大了就容易造成作物發生藥害而減產。一般情況下，植物生長調節劑的每畝地使用量只有幾克甚至是幾毫克，如果用多了就會產生藥害。
比如說，葡萄上合理使用乙烯利能夠促進果粒上色，如果用量濃度過大則會造成葡萄的果粒大量掉落。再比如說，萘乙酸這種植物生長調節劑，在果樹上按照10毫克/克的濃度使用可以保花保果，如果在西瓜上按照這個藥液濃度使用就容易造成西瓜出現藥害而發生翻葉或萎焉的問題。

三、調節劑在作物上的使用方法不對
不同的植物生長調節劑有不同的用法，比如說葉片噴灑、沖灌根部或涂抹果穗，但不是所有的植物生長調節劑都可以三種方法通用。

四、調節劑在作物上的使用時間點不對
每種植物生長調節劑在作物上都有特定的使用時期，如果大家在作物上使用植物生長調節劑的時間不對，那也會造成作物發生藥害而減產。
比如說，西瓜在花期使用氯吡脲可以起到膨果、增甜的效果，但如果等到西瓜的幼瓜長到10-15公分以上時再打藥，那么就容易造成西瓜的果實發生空心、散瓤、開裂以及糖度與口感風味變差的現象。再比如說，乙烯利在瓠瓜幼苗長到4-6片葉時使用可以起到促進雌花早開的效果，但如果在幼苗長到3-4片葉及以前過早的使用乙烯利，反而容易造成幼苗出現藥物中毒的藥害不良后果。

五、調節劑在作物上使用的次數太多、太頻繁
正常情況下，每種植物生長調節劑每年的使用次數一般要限制在2-3次以內，如果大家無節制的隨意性使用，那么就會對作物正常生長發育造成危害。
比如說，花生生長期內合理噴施多效唑可以起到控旺促花的效果，但如果在花生的生育期內連續噴施3-4次以上的多效唑，或者兩次使用間隔期不足5-7天，那么就會造成花生苗株過度矮化、生長嚴重受抑而減產。

六、調節劑在作物上的使用位置不對
不同的植物生長調節劑在作物上都有特定的使用對象和目的，同時也有不同的藥物作用原理，如果我們在作物上使用的位置不對，也是很容易造成作物發生藥害的。
比如說，我們在西紅柿花期使用2,4-D蘸花提高坐果率時，2,4-D藥液涂抹使用的位置必須是花朵部位，如果在蘸花過程中2,4-D藥液滴落在西紅柿的嫩稍幼葉上，這就會造成西紅柿上沾染藥液的嫩稍和幼葉出現藥害現象。

七、調節劑在作物上的使用種類與對象不對
市面上的各種植物生長調節劑，有的適合用在弱苗上促進生長，有的適合用旺苗上來抑制或緩和長勢的，有的是用來促根長苗的，有的是用來促進開花坐果的，有的是用來膨果增甜上色的，而且有些植物生長調節劑可以適用的作物種類也是不同的，如果大家把植物生長調節劑用錯了使用對象，那么也容易造成作物發生藥害。
比如說，作物上經常用來控旺的多效唑這種植物生長調節劑，它適合用在旺苗上使用達到控旺壯棵的效果，普通苗應當盡量少用或不用，而弱苗則一定不能使用，否則弱苗越用長勢就越差。